Обнаружилась проблема.

На чистой установке ISPManager (Centos 5.7, php-5.1.6) не подключается php.ini пользователя (если php для домена переключен в режим php-cgi).

Решение - костыль, но работает.
Перезаписываем файл php-bin/php (в директории пользователя) на сам бинарный php-cgi.
Т.е.
mv /usr/bin/php-cgi ./php

и не забываем сделать chown.
В таком варианте - конфиг подхватывается

Про багу отписал на форуме ISP - http://forum.ispsystem.com/ru/showthread.php?t=17160 , они ее даже приняли

Но судя по changelog`у ждать придется не меньше месяца , а это напрягает.. бага весьма критичная.